بر اساس استفاده از میکروارگانیزمهایی چون قارچها – باکتریها و ویروسها در ساخت این حشره کشها، در حشرات ایجاد بیماری می کند و منجر به مرگ حشرات می شود و یا منجر به متوقف ساختن تغذیه آنها شده و یا اینکه کاهش می دهد و نهایتا منجر به حداقل رساندن خسارات به محصولات کشاورزی می شود.
انواع حشره کشهای میکروبی: تا بحال سه نوع از حشره کشهای میکروبی شناخته شده است که عبارتند از - حشره کشهای ویروسی- حشره کشهای قارچی - حشره کشهای باکتریایی
حشره کشهای باکتریایی: یکی از انواع حشره کشهای نامبرده بیولوزیکی جهت حذف آفات گیاهی و محصولات کشاورزی حشره کشهای باکتریایی است که حشرات را در مراحل مختلف رشد شان بیمار نموده و آنها را نابود می کند. یکی از باکتریهای معروف که در مرحله لاروی بسیاری از حشرات مضر را بیمار و نابود می کند باکتری باسیلوس تورنجنسیس است با علامت اختصاری(Bt). این باکتری دارای اسپور مرکزی و بیضوی شکل که همراه با بلور شناسایی می گردد. تاریخچه پیدایش آن به سال ۱۹۰۱ بر می گردد زمانی که ایشی واتا دانشمند زاپنی باکتری اسپوردار موازی را از کرم ابریشم بیمار جدا و آنرا سوتو باسیلوس نام نهاد. در سال ۱۹۱۱ برلینر نیز در ناحیه تورجنیای آلمان باکتر مشابعی از پروانه آرد گندم جدا و آنرا باسیلوس تورنجنسیس نام گذاری کرد. این باکتری کاملا اختصاصی عمل کرده و در حشرات مفید و انسان و سایر مهرهداران بیماری ایجاد نمی نماید. نحوه باکتری باسیلوس تورنجسیس: پس از آلوده شدن سیستم گوارشی لارو حشره به این باکتری ، باکتر ی مجر به فلج شدم سیستم گوارشی لارو حشره شده و در نهایت لارو را از تغذیه باز می دارد و حتی اگر لارو سریعا کشته نشود عدم تغذیه لارو منجر به کاهش خسارات وارده از لارو به محصولات کشاورزی می شود. نشانه های بیماری: حشراتی که بوسیله سم باکتر Bt از بین می روندسریعا تغیر رنگ داده و تیره رنگ و غالبا خیلی نرم می شوند. بافتها و اندامهای داخلی به سرعت تخریب شده و به حالت لزج و غلیظ در آمده و گاهی با بوی تعفن همراه می شود. مدت کوتاه پس از مرگ مقدار زیادی باکتری در داخل بدن حشره تولید می شود. لاشه لارو حشره چروک خورده خشک و سخت می شود. آفاتی که توسط Bt کنترل می شود: نا سال ۱۹۷۷ تصور می شد که فقط در پروانه ها ایجاد بیماری ناشی از این باکتری می شود و اینکه این عفونت را ناشی از این راسته می دانستند و لی در بررسی پیشرفته در همین سال به سوش جدیدی از Bt برخوردند که بر روی پشه ها موثر بود. این کشف از بابت کنترل پشه هایی حائز اهمیت از نظر بهداشتی و از بین بردن این انحصار در مورد بیماریزایی Bt حائز اهمیت بود در سال ۱۹۸۳ موفق شدند که سوشی را جدا جدا کنند که در سخت پالپوشان بیماری ایجاد می کرد. از این به بعد تحقیقات جدیدی روی این باکتری (بخصوص روی جنبه های بیولوزیکی ملکولی) آغاز شد.